സെക്രട്ടറിയുടെ ചുമതലയിലിരിക്കെ ബിജെപി അംഗത്വം സ്വീകരിച്ച ഷൈജു കുര്യനെതിരെ വിശ്വാസികള് പരസ്യമായി പ്രതിഷേധിച്ചിരുന്നു. എന്നാല് കടുത്ത നടപടിയിലേക്ക് സഭ കടന്നത് ഫാ. മാത്യൂസ് വാഴക്കുന്നം നല്കിയ ഗുരുതര സ്വഭാവമുള്ള പരാതിയെ തുടര്ന്നാണ്. സഭാ വിശ്വാസിയായ വീട്ടമ്മയോട് ഫാ. ഷൈജു കുര്യന് ലൈംഗിക ചുവയോടെ സംസാരിച്ചെന്നാണ് വാഴക്കുന്നത്തിന്റെ പരാതി. വീട്ടമ്മയുടേതായി പ്രചരിക്കുന്ന ശബ്ദസന്ദേശവും സഭാ നേതൃത്വത്തിന് മാത്യൂസ് വാഴക്കുന്നം കൈമാറി. ഇക്കാര്യങ്ങള് വിശദമായി പരിശോധിക്കാനാണ് ആഭ്യന്തര കമ്മീഷനെ വെയ്ക്കുന്നത്. രണ്ട് മാസത്തിനുള്ളില് അന്വേഷണം പൂര്ത്തിയാക്കാനാണ് തീരുമാനം.എന്നാല് തനിക്കെതിരെ നടപടി വന്നിട്ടില്ലെന്ന് ഫാ. ഷൈജു കുര്യന് പറയുന്നു. സഭാ നേതൃത്വത്തിന്റെ അനുമതിയോടെ അവധിയില് പ്രവേശിച്ചതാണെന്ന് ഷൈജു വിശദീകരിച്ചു. അതേസമയം, സഭയ്ക്കുള്ളില് പറയേണ്ട കാര്യങ്ങള് മാധ്യമങ്ങളൂടെ പരസ്യമാക്കിയതിന് ഫാ. മാത്യൂസ് വാഴക്കുന്നത്തിനോട് വിശദീകരണം തേടാന് സഭാ നേതൃത്വം തീരുമാനിച്ചു. സിപിഎം സഹയാത്രികനായ മാത്യൂസ് വാഴക്കുന്നവും ബിജെപിയില് ചേര്ന്ന ഫാ. ഷൈജു കുര്യനും തമ്മില് ഏറെക്കാലമായുള്ള ഭിന്നതയാണ് വിവാദങ്ങളെല്ലാം കാരണമെന്ന് സഭ നേതൃത്വം വിലയിരുത്തുന്നു.